為促進省屬高校內涵式發展，我省創新財政資金分配和管理，構建了科學規范、公平公正、導向清晰、務求績效的省屬高校預算撥款制度，重點支持西北師范大學、蘭州理工大學、蘭州交通大學、甘肅農業大學等4所省屬高校爭創國內同類院校高水平大學，助推蘭州石化職業技術學院、蘭州資源環境職業技術學院、甘肅林業職業技術學院等3所省屬高職爭創國內一流高職院校。

省屬高校預算撥款制度面向14所省屬本科高校，根據省屬高校發展定位和特色辦學，設立新項目支出體系，由三部分構成：辦學能力提升撥款占65%、轉型發展撥款占15%、績效考核撥款占20%。財政部門在財力緊張情況下，不斷豐富籌資渠道，優先支持省屬高校分類發展、辦出特色。2017年，重點支持、動態實施一流學科建設，每年對每個自然科學類的一流學科投入1000萬元、優勢學科投入800萬元、特色學科投入600萬元；人文社科類的一流學科投入800萬元、優勢學科投入600萬元、特色學科投入400萬元。

據省財政廳介紹，我省在改革完善省屬高校預算撥款制度的基礎上，財政績效評價工作在教育領域又邁出重要一步，形成財政投入和績效掛鉤動態調整機制。日前，制定出臺《甘肅省屬高校績效撥款考核辦法》，以教育部本科教學工作水平評估指標體系為主要依據，涵蓋人才培養、師資隊伍、科學研究、社會服務和財務管理等5個方面的考核指標體系，其中，一級指標5項，二級指標18項，堅持定量與定性相結合，兼顧省屬高校類型的多樣化和差異性，突出內涵建設和質量效益導向。