時值兩岸關系緊張之際，柯文哲先是在接受媒體采訪時呼吁大陸“不要為了0.5%的芥蒂，放棄99.5%臺灣廣大的善意”，16日又安排與大陸記者餐敘。據臺灣《中國時報》18日報道，大陸媒體都很關心“雙城論壇”何時舉行，但柯文哲不愿多談。與會的大陸記者表示，柯文哲“和往常顯得不太一樣”，以前遇事侃侃而談，但這次午宴安靜許多，對事涉兩岸的問題大多避而不談，“可能因雙城論壇談判已在節骨眼上，他不愿橫生枝節所致”。17日，針對兩岸關系緊張、政策走向限縮，柯文哲意有所指地以自己當市長的經驗為例，建議蔡英文“先冷靜想一下”。他強調，臺灣對大陸打“封鎖戰”“消耗戰”不太容易，往往是“斃敵一千，自損八百”，雙方關系如果太緊張，最后很難有轉圜余地。

這番話讓島內媒體頗不以為然。《中國時報》18日直言，這說法未免太抬舉臺灣了，改為“殺敵一百，自損一千”還差不多。孫子2500年前說出“傷敵一千，自損八百”，主要意指兩軍交戰通常兩敗俱傷。柯文哲原意也是提醒綠營，限縮交流對臺灣絕非好事。但兩岸你大我小，難以比較，臺灣對大陸如蚍蜉撼大樹。文章說，臺灣當然有優勢，但別忘了，大陸整體素質也在提高，臺灣究竟能保多少優勢？“還是學學孫子，‘上兵伐謀，其次伐交，再次伐兵’。臺灣的兩岸謀略是什么，蔡政府是該好好思考”。中央日報網絡報稱，一旦兩岸“外交戰”正式開打，不只在所有的國際組織，臺灣都將寸步難行，而且現有的20個“邦交國”，可能一夕之間就少掉1/3甚至一半，試問臺灣如何反擊？大陸如果真的發布禁令，使陸客來臺觀光人數減少一半，臺灣對此又如何因應，“顯而易見，臺灣想要反制大陸的籌碼其實相當有限，效果也不會很大;相反，如果激化大陸采取‘反反制’報復的話，臺灣勢必受到重大傷害”。