1936年，杭州古蕩老和山在建造杭州第一公墓時，出土了一些石器。這引起了當時一些考古學家的注意。當年5月底，浙江省立西湖博物館和吳越史地研究會合作對遺址進行試掘。

據文獻記載，當時試掘開探坑3個，僅獲石器6件、陶片3塊，另采集石器10余件。后來，這次試掘被認為是“江浙地區第一次與良渚文化相關的田野考古發掘”。

雖然此次考古僅持續了一天時間，但這可以看做是良渚遺址發現的開端。

當時參與古蕩發掘的西湖博物館工作人員施昕更，在接觸到出土石器后，“感到很熟悉”。他意識到“家鄉良渚鎮屢有出土的石器應與古蕩有某種內在的關聯”。

次日，施昕更回到其家鄉良渚搜集文物。“除了石鏟之外，意外的又得到許多不同形式的石器”。這一年7月，他第二次再赴良渚調查，并在枯竭的池底，揀到“不少”石器。同年11月，施昕更第三次赴良渚，在“良渚鎮附近棋盤墳的一個干涸池底，偶然發現一二片黑色有光的陶片”。

西湖博物館當時對此非常重視。館方依照當時頒布的《文物保存法》第八條規定，呈請中央古物保管委員會，取得采掘執照。1936年末、1937年3月，施昕更先后三次代表西湖博物館對棋盤墳、橫圩里、茅庵前、古京墳、荀山東麓以及長明橋鐘家村等六處遺址進行試掘。

此次發掘出土了大批黑陶和石器，同時經調查“發現了以良渚鎮為中心的十余處遺址”。此后，施昕更據本次發掘完成了《良渚——杭縣第二區黑陶文化遺址初步報告》。

報告記錄了遺址發現經過、各遺址底層堆積情況、出土遺物、年代與文化性質分析以及編寫報告過程。同時，該報告對以“良渚”作為遺址的定名也做了說明。報告這樣寫道：“最新的考古報告都以地名為名……我也來仿效一下，遺址因為都在杭縣良渚鎮附近，名之良渚，也頗適當……所以決定采用這二個字，有名實兼收之妙。”

不過由于日寇入侵，該報告的印刷、出版“經歷了許多患難困苦的歷程”。《良渚文化》記載，“杭州失守后，《良渚》報告在杭印刷的字版及鋅制圖版，在形勢危急中均無法攜出，在隨同西湖博物館遷徙流亡途中，施昕更以滿腔的熱情和驚人的意志，重新整理舊稿，經館長董聿茂先生奔走，得到浙江省教育廳經費支助，至1938年終由上海中國科學公司印刷出版”。

但因當時條件所限，考古學者并未采取“良渚文化”的說法。即便是發現者施昕更也認為，良渚遺址與山東的龍山文化屬同一文化體系。

1949年后，隨著江浙一帶的諸多文物在考古發掘中出土，有學者逐漸意識到良渚當屬獨立的文化體系。

1957年，考古學家夏鼐在《浙江新石器時代文物圖象》的序言中指出，良渚等遺址出土的遺物有其獨有特色。兩年后，1959年，在長江流域規劃辦公室文物考古隊隊長會議上，夏鼐提出了“太湖沿岸和杭州灣的良渚文化”這一說法。

此后，相關考古不斷進行。1987年，浙江余杭瑤山發現良渚祭壇和貴族墓地；2007年，良渚古城的發現和確認，標志著良渚遺址進入都邑考古新階段；2009年—2012年發現和確認良渚古城外郭城；2009年—2015年發現和確認良渚古城外圍水利系統。而這些都被列在此次“良渚古城遺址”申遺的范圍之內。

浙江省文物考古研究所研究員王寧遠曾對媒體表示，良渚遺址擁有水利系統、分等級墓葬、祭壇、以玉器為代表的禮器，遺存類型豐富、遺址格局完整，成為中華五千年文明史的實證。

浙江省文物考古研究所所長劉斌此前也曾表示，目前主流的國際學術界已經因良渚的發現，接受了中國有五千多年文明史的觀點。

據悉，良渚申遺結果將于2019年出爐。