在向森友學園出售國有土地問題上遭批評的日本國稅廳長官佐川宣壽9日辭職，并獲得了內閣批準。副首相兼財務大臣麻生太郎在9日晚的記者會上就自身去留表示“沒有考慮”。他表示佐川主動提出辭職，同時還透露以“損害了對行政的信賴”為由，對佐川作出減薪處分。麻生表示財務省將在下周較早時候公布該篡改事件的調查結果。自民黨干部稱預計是12日。與此相關，麻生還提到有可能對佐川追加懲處。

據日本媒體報道，佐川從2016年6月至2017年6月曾任日本財務省理財局局長，期間他多次在國會就森友學園廉價購得國有土地進行答辯，但被在野黨指責虛假，引發國會審議混亂。佐川曾在答辯中表示，按財務省規定，與森友學園交涉的文件已在交易后被銷毀，并一直否認與森友學園方面事先進行了價格磋商。但之后疑似反映磋商情況的內部文件和錄音被曝光。

10日正在福島縣訪問的首相安倍晉三對此表示，必需盡全力弄清文件是否(被篡改)。希望以副首相兼財務大臣麻生太郎為首，舉整個財務省之力進行應對。而在野黨再次要求基于國政調查權展開調查。執政黨考慮到2018年度預算案和相關法案的審議，希望早日恢復持續混亂局面的國會，但在野黨打算只要看不到積極應對就不予以回應。

2017年2月，森友學園被媒體曝出以幾乎白拿的方式獲得一塊估價近10億日元(約合6000萬元人民幣)的國有土地用于建造小學，各界紛紛質疑其中存在行政干預。