《工作方案》指出，2017年應完成鋼鐵、水泥、平板玻璃、石化、有色金屬、焦化、氮肥、印染、原料藥制造、制革、電鍍、農藥、農副食品加工等重點行業排污許可證核發工作。

根據自愿承擔、擇優開展的原則，確定北京市、天津市、河北省、河南省、山西省、山東省、上海市、江蘇省、浙江省、湖南省、廣西壯族自治區和海南省等具有相關管理經驗或行業集中度高的省級環保部門，以及邢臺市、深圳市、保定市、唐山市、淄博市、濟寧市等市級環保部門，牽頭負責或參與相應重點行業排污許可證申請與核發試點工作。試點時間為2017年。

同時，根據有關地市人民政府申請，選擇浙江省嘉興市、山東省濟寧市、江蘇省無錫市、山東省臨沂市4個地市，開展流域排污許可管理試點。試點時間為2017-2019年。

《工作方案》指出，環保部排污許可專項小組(以下簡稱部專項小組)與試點省、市環保部門共同牽頭編制試點行業排污許可證申請核發技術規范(以下簡稱行業規范)，于2017年3月底前完成初稿，6月底前完成行業規范的部內審批程序并印發執行，9月底前試點省、市基本完成行政區域內相關行業排污許可證申請核發工作。其中，農藥和農副食品加工等工作基礎較薄弱的兩個行業，各時間節點后延1個月。

2017年底前，試點地市基本打通造紙行業排污許可證申請、核發、監管、處罰的全流程管理，基本整合銜接相關固定污染源環境管理制度，初步實現“一證式”管理；2018年，在推動行業排污許可管理與流域水質改善需求更加緊密結合方面取得實質性進展；2019年總結形成一整套排污許可管理經驗，報環保部。

《工作方案》指出，試點內容主要包括：

(一)重點行業排污許可證申請與核發試點

一是編制完成行業規范，在全國排污許可證管理信息平臺上開發完成相應行業排污許可證申請核發的填報模塊。二是組織開展試點行業排污許可證申請、核發驗證，并及時修改完善行業規范和填報模塊。三是率先完成試點行業排污許可證的申請和核發工作。四是參與開展試點行業排污許可管理培訓。五是組織先行先試，率先開展試點行業依證監管工作。

(二)流域排污許可管理試點

一是按照國家相關規定，打通造紙等行業排污許可管理全流程，落實《實施方案》相關要求，制訂精簡整合相關環境管理制度方案，報批后組織實施。二是基于流域控制單元水質改善需求和達標規劃，研究制訂與流域水質目標和環境承載力相銜接的流域排放標準等。三是臨沂市和濟寧市探索在流域排污許可管理中納入資源化利用、人工濕地凈化工程等內容；無錫市探索基于環保物聯網技術和智慧環保信息技術的排污許可信息化管理，以及流域精細化管控背景下的排污許可證監管模式；嘉興市探索“一證式”管理模式，基于排污許可管理的沿海地區固定源總氮排放總量控制，以及基于排污許可管理的相關市場機制。

《工作方案》最后指出試點工作的分工安排：環保部專項小組負責統籌協調試點工作，定期組織召開調度會、交流會，協調發布各行業規范。試點省、市環保部門負責牽頭實施相關行業試點工作，落實環境保護部關于試點工作的各項安排。試點省、市應制定試點工作方案，報環境保護部排污許可專項小組辦公室(以下簡稱部許可辦)備案，并嚴格督辦落實。試點省、市應在試點成果中反映本行政區域環境質量改善需求，保障試點任務涉及的各類調研和資料收集工作，制定實施對無證排污行為的監管執法計劃。

重點行業排污許可管理試點省、市，應全程參與行業規范編制工作，做好地方原有管理平臺與全國平臺對接，會同有關部門對無證排污企業收緊信貸、市場準入等政策。

流域排污許可管理試點地市負責組建專門的技術支撐團隊承擔試點任務，推進本市行業排污許可證“一證式”管理，制定出臺相關規定規范應報部專項小組審批，配合部專項小組做好相關經驗做法的提煉、推廣等工作。

自2017年4月起，每月10日前，試點省、市環保部門應向環保部報送試點工作進展表。試點工作總負責人應為各試點省級環保部門分管領導或各試點地市環保部門主要領導。試點工作聯系人應為責任處室領導。重點行業試點省、市應逐月填報2017年3月至10月的工作安排以及實際進展；流域排污許可試點地市應填報2017年3月至12月以及2018、2019年的工作安排和實際進展。填報的試點任務工作安排應包括本方案明確的各時間節點。