三、 部分河流污染較為嚴重問題。全省城市污水管網建設滯后，一些城市生活污水直排問題突出。山丹河流域每天有4萬余噸生活污水直排，2013年以來水質持續為劣Ⅴ類；馬蓮河沿線23個鄉鎮每天有4000余噸生活污水直排，沿線多家工業企業廢水超標排放，近兩年水質急劇惡化，已由2014年的Ⅳ類下降為2016年的劣Ⅴ類；涇河、葫蘆河流域部分鄉鎮生活污水直排，葫蘆河水質持續為劣Ⅴ類；祖厲河流域每天有2300余噸生活污水直排，薯香園農業科技公司等淀粉企業生產廢水超標排放，化學需氧量濃度最高達1083毫克/升，祖厲河水質持續為劣Ⅴ類；《2016年度水污染防治工作方案》于當年11月才印發各地各部門，直至督察進駐時，才與各市州簽訂目標責任書，導致2016年部分目標任務沒有落實到位。以上問題反映出省住建、環保等部門水污染防治工作部署、組織推進、監督考核不力，有關市州政府工作落實不到位。根據省環保督察問責工作組調查認定情況，按照干部管理權限，省委、省政府研究決定，給予省住建廳副廳長蔡林崢行政警告處分；對平涼市原分管環保工作副市長楊軍(綜合考慮其在大氣污染防治及飲用水源地保護不力等方面應負的責任)進行誡勉談話；對慶陽市原分管環保工作的副市長白振海(綜合考慮其在大氣污染防治及飲用水源地保護不力等方面應負的責任)進行誡勉談話；給予省住建廳城建處處長邵斌黨內警告處分；給予省環保廳原污防處調研員劉迎偉行政警告處分；給予張掖市甘州區原區長張玉林黨內警告處分；對張掖市住建局原局長周元圣進行誡勉談話；對平涼市住建局局長岳東生、平涼市靜寧縣縣長張興榮進行誡勉談話；對慶陽市環保局局長楊漪進行誡勉談話；對定西市環保局局長黃強、定西市安定區區長祁永和進行誡勉談話；給予定西經濟開發區管委會主任焦烈黨內警告處分。

四、 甘肅小隴山國家級自然保護區存在非法采礦問題。2006年，小隴山升級為國家級自然保護區時，自上世紀90年代開始的盜采盜挖金礦已形成一定規模。近年來林業部門、保護區管理部門和當地政府多次整治，但未徹底根治。截至2016年10月，保護區核心區有10處區域存在盜采盜挖金礦點，其中位于徽縣境內的6處區域，2013年之后仍有新增的盜采礦點，造成部分山體剝落和地表植被破壞，累計堆存含氰化物堆浸廢渣5000多立方米，環境隱患突出。經調查認定，省林業廳及所屬的小隴山林業實驗局、小隴山保護區管理局貫徹執行自然保護區法律法規不力，履行管理、保護職責不到位，監管不嚴，執法不到位，未能有效制止非法采礦問題，失職失責，對小隴山保護區因盜采造成的環境破壞問題，省林業廳負有監管責任；徽縣政府及徽縣林業局、森林公安分局貫徹執行《自然保護區條例》《環保法》《森林法》《礦產資源法》等法律法規不力，履行屬地管理職責不到位，在清理整治小隴山非法采礦問題上失職失責，徽縣政府負有主要責任，徽縣林業局和徽縣森林公安分局負有監管責任。按照干部管理權限，給予小隴山自然保護區管理局黨委委員、局長李建勛黨內嚴重警告處分；給予小隴山自然保護區管理局黨委委員、副局長李富義黨內嚴重警告處分，同時建議由省林業廳黨組按程序免去其副局長職務；給予小隴山林業實驗局原黨委委員、總工程師孫建中黨內警告處分；對徽縣縣長王俊強進行誡勉談話；給予徽成兩康戰役紀念館館長劉保懷(2014年至今分管徽縣林業工作)黨內警告處分；給予徽縣林業局局長崔仲文黨內警告處分；給予徽縣森林公安分局局長魏乾衛黨內警告處分。

五、 康縣大鯢省級自然保護區內違規延續探礦權問題。康縣大鯢省級自然保護區位于隴南市，總面積10247公頃，主要保護野生大鯢。2015年7月，省國土資源廳在保護區內違規延續三河壩西金礦詳查探礦權項目，涉及保護區核心區面積約1500畝。省國土資源部門違反自然保護區有關規定，在保護區核心區、緩沖區內違規審批延續探礦權。根據省環保督察問責工作組調查認定情況，按照干部管理權限，省委、省政府研究決定，對省國土資源廳礦管處調研員孟啟凱、黃寶生進行誡勉談話；省國土資源廳時任廳長蒲志強、副廳長包自吉、調研員王蜀媛，均因祁連山自然保護區生態環境問題被中央專項督查組和省紀委調查問責，對以上人員不再追加問責。