從國有企業到國有資本。上個世紀90年代初，中改院率先提出了“從國有企業向國有資本過渡”的改革建議。其中包括：加快實現從國有資產管理向國有資本管理的根本性轉變；從國有企業數量目標的追求轉向國有資本總體效益的實現；建立國有控股公司，著力培育國家“種子隊”；優化國有資產管理，實現國有資產的保值增值等。

建立以股份制為主體的企業結構，是中改院在上個世紀90年代初就提出的建議。中改院在全國率先舉辦國有企業股份制改革培訓班，培養了全國最早的一批股份制經濟規范化運作人才。一些學員后來成為各地股份制改革操作中的骨干力量，中改院由此也被喻為全國國有企業股份制改革的“黃埔軍校”。90年代中后期，中改院推動職工持股改革，提出“建設有中國特色的職工持股制度”系列建議報告，舉辦大批培訓班，在實踐中產生了積極的影響。1998年，中改院提出建立完善國有企業治理結構的建議。1999年，中共十五屆四中全會文件起草小組調用中改院剛形成的《中國國有企業公司治理結構研究》報告，用作文件起草的重要參閱件。

進入21世紀以來，中改院提出“以公益性為重點調整優化國有資本配置”的建議。一是對國有資本布局進行戰略性調整，把更多的國有資本投向涉及公共福祉的領域；二是加大國有資本的分紅比例，建議到2020年國有資本分紅比例提高到25%～35%。這一建議與十八屆三中全會《決定》提出的國有資本上繳公共財政比例不低于30%的改革目標吻合。

以解決不良債務為重點加快金融體制改革。1991年，中改院承辦“中國金融體制改革國際研討會”，就中央銀行的獨立性、貨幣政策工具、政策性貸款和外匯體制改革等提出了一系列政策建議，被相關決策機構采納。1992年，完成“走向可兌換貨幣”研究報告，提出人民幣先實行經常項目可兌換，逐步過渡到完全可兌換的建議。1995年11月，形成“以解決不良債務為重點加快商業銀行體制改革的建議（30條）”，提出通過債務托管解決不良債務，推進銀行商業化、股份化的建議。這項建議引起國家有關部委的高度重視，原國家計委、國家經貿委領導對此組織專人討論研究。

建立新型社會保障制度。社會保障制度改革是建立社會主義市場經濟體制的重大任務。中改院建院之初就高度關注社會保障制度改革。早在1991年，中改院就對社會保障問題進行了系統研究，提出了“以公積金為主、個人賬戶為輔”逐步過渡到“以個人賬戶為主”的中國社會保障模式。1992年，提交了“建立海南新型社會保障制度”的改革方案，成為海南省社會保障制度改革的重要藍本，也引起全國其他省份的高度關注。

宏觀調控體制改革。1993-1995年，在我國經濟進入高速增長的快車道，固定資產投資規模擴張過猛，通貨膨脹居高不下的情況下，中改院提交了“在經濟快速增長中有效地抑制通貨膨脹的五十條建議”，受到相關部委的高度重視，被國家有關部委在制定政策時大篇幅采納。

走向開放競爭的基礎領域改革。1998-2003年，中改院連續舉辦了五次關于基礎領域改革的國際論壇，重點討論電信、電力、鐵路、民航等壟斷性公共部門的市場化改革，提交了5份基礎領域改革的政策建議報告，呼吁打破基礎領域壟斷、引入競爭機制、推進股份制改造、加快市場開放、引入民間資本。

2. 實現農村土地使用權長期化、物權化、資本化

土地制度改革一直是農村改革的核心問題、焦點問題，也是敏感問題，中改院始終把“三農”問題作為重點研究課題，率先提出重要改革行動建議。